为纪念南开系列学校百年校庆，2004年10月17日南开大学启用了新的校徽。
南开大学校徽的核心图像为八角形，它既是南开大学校标的原始形态，也是其核心形态。八角星形由两个正方形叠加、结合而成，八个角皆为直角，分别指向东、西、南、北、东南、东北、西南、西北八个方向。一是体现“方方正正做人”之意，二是体现南开人“面向四面八方，胸怀博大，广纳新知，锐意进取”之精神。八角星形方圆互动，融合东西，体现了南开大学“智圆行方”的入世哲学、“追求卓越”的立世哲学和“允公允能”的济世哲学。
校徽中的“南开”二字凝练厚重，而弧形排列的“NANKAI UNIVERSITY”简约明快，表征了南开大学是一所历史悠久、面向世界的东方学府，图标下部以“1919”具体说明南开大学的创建时间。
校徽颜色的产生要追溯到1917年。当时，南开中学已经成立，而南开大学的建立尚在筹划之中。张伯苓先生为了创办南开大学到美国进修和考察。临行前他将南开中学校长的职务委托给他的弟弟、南开中学教师张彭春代理。当年9月22日，天津南运河决口，洪水涌进南开中学，水深近两米，情况十分危急。在张彭春的指挥下，教师们护送全体学生紧急转移至安全地带。10月，全校又迁入河北政法学校借校上课。这场突如其来的天灾，对那些当时年仅十几岁的中学生来说，是一次艰苦的磨炼。由于床位紧张，他们只能住在临时腾出的宿舍里，一个铺挨一个铺，挤得像沙丁鱼。因为水灾导致粮食奇缺，正在长身体的学生们只能喝粥充饥。为了区别于其他学校学生，每名南开中学的学生胸前都佩戴一枚纸制的紫白色相间临时校徽。紫色是南开校色（寓意“紫气东来”），正是这枚紫白校徽，使学生们牢记自己是南开人。后经抢险救灾，南开中学的校舍得以恢复使用。以后每年９月23日晚上，学校都要在饭厅里举行一次“水灾纪念会”。全体学生坐在饭桌前喝粥纪念，而且胸前都佩戴印有“南开”二字的紫白色卡片，同当年那个纸制校徽一样，只是下面加印了一行小字：“民国六年水灾纪念”。这就是南开校徽颜色的由来。
这是南开大学最早的校徽，呈盾牌形状，仍然沿袭了紫白相间的主色调。在紫色背景下，用反白色汉字从右向左分两行写着“南开”、“大学”，两行汉字之间白色条形区域中，是紫色的、从左向右排列的“NANKAI”。三行文字皆向右上方倾斜。
南开大学后来改用下图显示的圆形校徽，但是具体更改时间和原因还没有查到。
圆形校徽中核心内容为八角星图案和嵌于其中的“南开”二字，校徽外圆的上半部分是南开大学的英文名称，下半部分是南开大学所在城市——天津的英文名称。2004年校庆之前，一直使用这个校徽。
为纪念南开系列学校百年校庆，南开大学自2004年10月17日开始启用新校徽，就是上面展示的第一
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