北京大学创办于1898年，初名为京师大学堂。
1898年6月，光绪皇帝草拟了京师大学堂章程，规定了“中学为体，西学为用，中西并用，观其会通”的办学方针。
京师大学堂一开始就是维新、兴学图强的产物，也是戊戌变法仅存的成果。是中国近代第一所国立综合性大学，是中国现代高等教育全面兴起的标志。
辛亥革命后，1912年5月，京师大学堂改名为北京大学，严复出任第一任校长，提出了“兼收并蓄，广纳众流，以成其大”的办学方针。
1916年，蔡元培出任北京大学校长，提出了“循思想自由原则，取兼容并包之义”，囊括大典，网罗众家，允许和鼓励不同学派发展的办学思想。蔡元培的这一改革，促进了北大的思想解放和学术繁荣。有人说，“囊括大典，网罗众生，兼容并包，思想自由”可算得上是北大精神。
蔡元培上任后，延聘陈独秀担任文科学长，李大钊为图书馆主任，鲁迅、胡适等一大批国内一流学者先后来北大任教，毛泽东也曾在北大图书馆任职。蔡元培任校长的时期，是北大历史上非常辉煌的时期，也是当时中国进步运动和革命运动的一个中心。当时的北京大学不仅成为中国新文化运动的中心，也是伟大的五四运动的策源地，是在中国传播马克思主义和民主、科学思想的最初基地。可以说在中国近代没有任何一所学校像北京大学这校对历史进程产生过重要影响，为中国的革命和进步事业做出了重大的贡献。
萧超然说：蔡先生是继孔子后最伟大的教育家。
梁漱溟说：蔡先生的一生成就不在学问，不在事功，而只在开出一种制度，酿一大潮流，影响全国，收果于后世。
杜威说：拿世界各国校长来比较，牛津、剑桥、柏林、哈佛、哥伦比亚等等，这些校长在某一学科有成绩，有卓越贡献也不乏其人，但能以一个校长身份，领导一个大学，进而对一个民族、一个时代起作用，唯有蔡元培。
因此，提起北京大学，人们总会想起蔡元培。有人说蔡元培主政北大的时期是蔡元培时代，北大的校训“爱国、进步、民主、科学”也就产生于这一时期。
“爱国”包含着“为民”，“进步”包含着“改革”，“民主”包含着“闳放”，“科学”包含着“求真”。概括在一起就为：“爱国为民，闳放求真，民主科学，改革进步”。北大的百年史就是一部爱国主义史，一部为国家和民族的振兴富强奋斗的历史。爱国为民的精神不但体现在历次爱国运动中，而且体现在培育人才和对科学高峰的攀登之中。“闳放求真”的“闳放”是指宏大、开放的意思，海纳百川，有容乃大，囊括大典，网罗众家，思想自由，兼容并包，都可概括在“闳放”之中。然而“闳放”不是目的，目的是发展学术，探求真理，造福社会。因此，“闳放”要和“求真”联系在一起。为了追求人类社会和自然界的真理，北大人前赴后继，勇于探索和攀登，甚至不惜流血牺牲。“民主科学”是新文化运动和五四运动时期北大师生高举的两面旗帜，至今仍有其现实意义。民主办学历来是北大的传统。民主还要与科学密切联系。探索中的科学精神，治学中的科学态度，学校管理中的科学作风等等都包含在“科学”之中。鲁迅生生曾说：“北大是常为新的，改进的运动的先锋”。北大是永不停息的，总是站在时代的潮头，朝着国家和民族希望的方向前进，北大不满足现状，最少保守思想，总是追求卓越，反对平庸，有所开拓，有所进取，这才成就了今日的北大。
不过后来，北大的校训最终没确定！没有校训好像是最好的校训！
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